Les SAGE sont en interaction avec plusieurs autres démarches de planification et de gestion du territoire. Quelques exemples peuvent être cités.

• SDAGE (et Programme de mesures) : auquel les SAGE du bassin doivent être compatibles. Sur le périmètre de l’étang de Salses-Leucate, il s’agit du SDAGE Rhône-Méditerranée.
• Natura 2000 : cet outil de gestion doit être compatible aux orientations définies par le SAGE. Il existe deux sites N2000 sur le complexe lagunaire de Salses-Leucate, ainsi qu’un 3ème pour les chauves-souris à la Forteresse de Salses.
• Gestion des Zones humides : les PAGD des SAGE peuvent fixer les objectifs pour la conservation des zones humides.
• Autres SAGE : il doit être établit une gouvernance Inter-SAGE. Trois SAGE sont en interaction avec Salses-Leucate : SAGE Agly, SAGE des nappes Plio-quaternaires de la plaine du Roussillon et le SAGE Orb-Libron.
• les SCOT qui doivent être compatibles aux SAGE.