L’alimentation en eau douce est principalement d’origine souterraine. Deux importantes sources, Font Dame et Font Estramar, situées sur la commune de Salses, apportent en moyenne 2,6m3/s d’eau douce à l’étang. Au nord de ces sources, huit autres résurgences temporaires pour la plupart contribuent à l’apport d’eau douce à l’étang.
En période de forte pluie, 4 ruisseaux alimentent l’étang (l’Arène, le Pla, la Canaveire, la Boucheyre). En temps normal le lit de ces ruisseaux est à sec.
Historiquement, les échanges entre la lagune et la mer (eau salée) se faisaient par 2 graus naturels, c’est à dire dont l’ouverture dépendait des mouvements de la mer. À la fin des années soixante, lors de la création des unités touristiques de Port-Leucate et Port-Barcarès, trois graus ont été aménagés entre l’étang et la mer. Cela a eu pour effet d’augmenter les échanges entre la mer et l’étang et a entraîné une certaine marinisation de l’étang.
La salinité de l’eau est variable dans le temps et dans l’espace. En effet, elle dépend des apports d’eau douce via les émergences karstiques et le bassin versant, des conditions météorologiques (évaporation) et des apports de la mer (marées et sens du vent). Géographiquement, les salinités les plus basses sont mesurées dans l’anse de la Roquette et les plus hautes dans le nord du bassin. Dans le temps, elle est au plus bas en hiver (précipitations automnales et faibles évaporations) et atteint un pic l’été.
Les sédiments sont constitués par des sables et des vases. Les zones les plus vaseuses sont situées en bordure des zones humides périphériques le long de la berge ouest (à l’abri des vents dominants) et dans le bassin de Dindilles (taux de vase de 90%).
Divers inventaires qualitatifs et quantitatifs de la flore macroscopique ont montré que les macrophytes sont présentes sur la quasi-totalité des fonds de l’étang avec des biomasses importantes. Cependant, les parties profondes sont moins occupées. La flore benthique est dominée par les magnoliophytes qui sont des plantes à fleurs subaquatiques et qui forment les herbiers.
Parmi les espèces présentes dans l’étang, on peut citer :
Ainsi, la diversité spécifique est relativement forte. Actuellement, plus de 77 espèces de macrophytes ont été répertoriées (38 Rhodophytes, 11 Chromophytes, 14 Chlorophytes et 3 Magnoliophytes) dont près de 15 % sont introduites.
En général, l’étang est pauvre en phytoplancton. Des études menées en 1982 ont montré que la biomasse chlorophyllienne de l’étang de Leucate ou de Salses est cinq fois inférieure à celle de l’étang de Bages-Sigean. La production primaire fluctue au cours de l’année et atteint un maximum au début de l’été.
En 1987, Clanzig identifie 131 espèces strictement associées aux bassins et qui se répartissent entre les mollusques (40% : palourdes, moules, huîtres plates, …), les crustacés (20% : crevettes roses, crevettes grises, …) et les annélides (10%). Les 30% restant sont constitués d’autres taxons, dont les échinodermes (étoiles de mers, oursins, …). Des échantillonnages effectués en 2000 dans deux stations situées dans les bassins nord et sud ont montré cependant une prédominance des annélides polychètes sur les autres taxons. De façon générale, la richesse spécifique de ce milieu est très élevée témoignant d’un milieu stable et marinisé.
La distribution des espèces parmi les trois types trophiques (filtreurs, détritivores et carnivores) montre une dominance de détritivores dans le bassin sud ce qui peut être lié à des taux de sédimentation plus importants que dans le bassin nord où on constate une répartition égale entre les trois types trophiques.
L’étang de l’Angle est caractérisé par la présence d’un ver marin tubicole Ficopomatus enigmaticus, ou « cascail ». En milieu lagunaire, cette espèce est indicatrice d’un milieu très riche en éléments nutritifs et en matière organique. De plus, elle contribue au comblement des lagunes. Les zones lagunaires où le cascail prolifère sont généralement en mauvais état écologique. Dans cette même zone, des algues opportunistes (Chaetomorpha spp.) sont également rencontrées en grandes quantités. Elles sont aussi des espèces indicatrices d’un milieu enrichi en excès.
À proximité des trois graus de l’étang, des peuplements de Pinna nobilis ont été observés, parfois en forte densité. C’est une espèce protégée emblématique de la faune de Méditerranée, assez rare dans les lagunes languedociennes. Malheureusement cette population est touchée par un parasite qui décime la population méditerranéenne.
On note la présence de gisements naturels de moules et d’huîtres plates dans la partie sud de l’étang. Ces gisements ne sont pas exploités actuellement (diminution du stock liée à une surexploitation et à une mortalité importante liée au parasite Marteilia refringens).
La faune pélagique :
L’avifaune de l’étang :
Une synthèse sur l’avifaune est présentée ici, mais elle sera plus détaillée dans les DOCOB Natura 2000 de référence.
Beaucoup d’espèces d’oiseaux occupent les zones humides périphériques ou les terres plus en arrière. Peu sont inféodées au plan d’eau sensu stricto (grèbe huppé, grèbe à cou noir, certaines espèces de canards).
Cependant, l’étang occupe un rôle particulier pour de nombreuses espèces d’oiseaux. Certaines espèces présentes dans les zones humides périphériques peuvent fréquenter l’étang comme zone d’alimentation (Sterne naine) ou d’hivernage (Flamand rose). Le site du complexe lagunaire de Salses-Leucate se trouve sur un des plus importants axe migratoire des oiseaux de France. La géographie du site et des conditions météorologiques particulières (vents de secteur nord principalement) permettent d’observer des oiseaux migrateurs réguliers dont près de la moitié ne nichent pas sur le site. Ces migrateurs y font halte pour se reposer et/ou s’alimenter profitant de la qualité des grands types d’habitats (Cigogne blanche, Balbuzard pêcheur…).