La formation des lagunes méditerranéennes débute il y a plus de 20 000 ans. Sous l’effet du réchauffement climatique, le niveau marin, qui se situe alors à moins de 100 mètres par rapport au niveau actuel, s’élève progressivement. Au cours de sa lente remontée, la mer repousse devant elle les sédiments arrachés à la plate-forme continentale. Le cordon sableux ainsi constitué sépare la mer des eaux saumâtres qui ont envahi les parties les plus basses de la plaine littorale. Seuls les graus, interruptions des lidos, maintiennent une communication entre les étangs et la mer. En France, les complexes lagunaires couvrent 130 000 ha, dont 45 % en Languedoc-Roussillon.
La lagune de Salses-Leucate s’étend selon un axe nord-sud, parallèle à la côte, sur une longueur de 14 kilomètres et 6,5 kilomètres dans sa plus grande largeur. C’est le second plus grand étang (5 400 ha) du Languedoc-Roussillon après Thau.
Elle est caractérisée par une faible profondeur (3,5 m au maximum) et une eau saumâtre, à salinité et température variables, fortement influencées par les conditions du milieu. Bien que formant une seule nappe d’eau, la lagune est en fait constituée de trois sous-unités, du nord au sud :
Les deux dernières unités sont séparées par une ligne de haut fond matérialisée par l’îlot de la Rascasse et celui de Vy rarement émergé. Cette ligne matérialise également la frontière entre les départements de l’Aude et des Pyrénées-Orientales.
Elle est en communication avec la mer par 3 graus (canaux) artificiels :
Le sens et le volume des échanges au niveau des graus sont sous l’influence du cycle des marées lunaires (amplitude moyenne 15-20 cm), avec entrée d’eau au cours de la marée montante et sortie d’eau en phase de marée descente. Mais, ce cycle biquotidien est fréquemment modifié ou amplifié sous l’effet des marées barométriques et surtout du régime des vents.
De manière générale, l’aménagement de ces graus dans les années soixante a conduit à la marinisation de l’étang, qui auparavant était plus saumâtre. Ce complexe représente donc un stade assez juvénile d’évolution des lagunes languedociennes.
Fort de ce potentiel, l’étang est exploité depuis longtemps pour la pêche et la conchyliculture. Ces activités côtoient désormais de nombreuses activités nautiques, la production halieutique (élevage d’autres espèces aquatiques telles crevettes, loups de mer…), sans oublier l’agriculture. Tout autour de l’étang, de nombreux habitats reconnus à l’échelle européenne sont observés. Ils abritent des espèces végétales et animales remarquables. Ainsi, outre la végétation aquatique de l’étang (nombreux herbiers à Zostères), les marges de la lagune abritent une flore et une faune qui comprennent des espèces rares et/ou endémiques à protéger telles que : la sterne naine, l’euphorbe de terracine, l’oeillet de catalogne…