Au cours des années 1990, de nombreux épisodes de contamination bactériologique de l’étang ont entrainé des interdictions de commercialisation directe des coquillages et menacé l’activité conchylicole. Cette succession de crises a permis d’initier en même temps la signature du premier contrat de l’étang de Salses-Leucate (1998-2003) et la réflexion préalable à l’élaboration du SAGE, démarche qui a abouti à la signature de l’arrêté interpréfectoral d’approbation du 7 juillet 2004. En 2010 est lancée la révision du SAGE. Cette procédure vise sa mise en conformité avec la loi sur l’eau du 30 décembre 2006, le SDAGE Rhône-Méditerranée 2010-2015 et les engagements du Grenelle de l’Environnement. La révision du SAGE a été approuvée par arrêté inter-préfectoral le 25 septembre 2015.

En parallèle à l’animation du SAGE des contrats d’étang ont été régulièrement mis en œuvre.

Pour s’assurer de la cohérence entre les deux démarches, la Commission Locale de l’Eau (CLE), en charge de la révision et de l’animation du SAGE, fait office de Comité d’étang. Ce comité est chargé de l’élaboration et du suivi des contrats, puis du suivi et de la réalisation des actions programmées.